【美國研究】加州大學利用AI研究人類腎細胞結構 發現尚有逾一半未知 

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一切生物都由細胞組成,而在構成器官的微小細胞內,還有更小的結構存在,即細胞器(organelles);細胞器包括細胞核(nucleus)、線粒體(mitochondria)、內質網(endoplasmic reticulum)、高爾基體(Golgi apparatus)等,其在細胞內的信息流動和能量產生起到重要作用,不過這原來並非細胞器結構的全部。美國加州大學聖地亞哥分校(University of California San Diego,UCSD)醫學院的研究人員,近日通過AI技術分析出人類腎臟細胞的69種亞系統(subcellular system),發現其中有約一半是目前未知的,而有關研究已於11月24日在學術期刊《Nature》上發表。

科學家研究細胞內部的結構,主要使用兩種技術:蛋白質螢光顯微鏡成像(protein fluorescent imaging)和蛋白質生物物理關聯(protein biophysical association)。前者是用螢光物質標定蛋白質,並在顯微鏡範圍內跟踪其運動及關聯,而後者則是使用一種特定抗體將蛋白質從細胞中分出來再加以分析。而這兩種方法,均會產生大量數據集,且通常需要單獨分析。

相關研究團隊結合「人類蛋白質地圖」(Human Protein Atlas,HPA)與「BioPlex」數據庫中的蛋白質資料,建立人體細胞結構的統一分層圖,然後利用人工智能(artificial intelligence)對蛋白質之間的距離進行計算分析,最後得出「多尺度整合細胞圖譜」(multi-scale integrated cell,MuSIC 1.0)。

研究人員表示,該圖譜可解析69個亞細胞系統,其中有約一半是之前研究未曾發現的,例如他們就從中發現一組蛋白質形成了一種陌生的結構。經過仔細調查,研究人員最終確定該結構是一種全新結合核糖核酸(RNA)的蛋白質複合物,且很可能參與RNA剪接(splicing),將基因轉化成蛋白質,並決定哪一種基因在何時被激活。

負責領導研究的UCSD醫學院及摩爾斯癌症中心(Moores Cancer Center)教授Trey Ideker博士透露,了解細胞器結構對發現疾病的病因相當重要,因為大多數疾病都源於細胞某部分出現故障,「我們的下一步是研究整個人類細胞,然後再擴展到不同的細胞類型和物種。最終,我們希望透過比較健康和病變細胞的區別,更好了解疾病的分子基礎。」

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  • 資料來源:《Nature》UC San Diego UC San Diego News Center

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